أ- افراز السموم، وهي على نوعين:
- السموم الداخلية: سكريات دهنية من مكونات الجدار الخلوي، تطلق عند تحلل البكتيريا مثل السموم التي تفرزها بكتيريا التيفوئيد
- السموم الخارجية: تنتجها البكتيريا وتطلقها باعتبارها نواتج العمليات الأيضية، وهي اشد خطورة وتؤثر على الأعصاب كما في بكتيريا الكزاز
ب- اتلاف وتدمير الخلايا : مثل بكتيريا السل التي تدمر خلايا الرئة وتكون تجاويف داخل انسجتها
ج- افراز انزيمات: مثل افراز انزيم محلل الكولاجين ، الذي تفرزه بكتيريا كلوستريديوم والتي تسبب عدة امراض منها التهاب الجروح، ويعمل انزيم محلل الكولاجين على تحليل الكولاجين في الأنسجة ويساعد البكتيريا على اختراق الأنسجة وبالتالي تلفها.