أثيرت الاعتراضات على نظرية التطور منذ أن بدأت تبرز الأفكار التطورية في القرن ال19 عندما نشر تشارلز داروين نظريته حول التطور في كتابه أصل الأنواع عام 1859، والفكرة أن الأنواع نشأت من خلال التوريث مع التعديل من سلف واحد مشترك في عملية يقودها الانتقاء الطبيعي إضافة إلى النظريات التى طرحها جان باتيست لامارك، فصادفت اعتراضات مختلفة على أسس علمية وسياسية ودينية، وأبرزها تلك الاعتراضات التي قادها جورج كوفييه الذي دافع عن الخلق المباشر[1][2][3]، وخلال القرن العشرين استمرت الانتقادات من علماء مختصين وغير مختصين يقودهم دعاة التصميم الذكي القائلين أن بعض الميزات في الكون عموما وفي الكائنات الحية خصوصا من وراءها مصمم ذكي، ويرى المنتقدون أن النظرية بنيت منذ بدايتها على أمرين هما الأدلة الافتراضية وذاك ما اعترف به تشارلز داروين بأنها غير موجودة بالفعل، والأمر الثاني من الأدلة الخاطئة مثل توريث الصفات الجسدية المكتسبة وغيرها، وقد أشار داروين في الفصل السادس من كتابه أصل الأنواع الذي عنونه بصعوبة النظرية ومن ذلك الغياب التام للحفريات الوسطية أو البينية أو الانتقالية بين الأنواع، ولا يعني ذلك إيجاد حفرية أو اثنتين بل من المفترض إيجاد الكثير من الحفريات، يقول داروين في حيرة وشك:
نقد التطور إذا كانت الأنواع قد انحدرت من أنواع أخرى عن طريق التسلسل الدقيق، فلماذا لا نرى في كل مكان أعدادا لا حصر لها من الأشكال الانتقالية؟ لماذا لا تكون الطبيعة كلها في حالة اختلاط بدلا من أن تكون الأنواع كما نراها محددة تحديدا واضحا؟ ولكن وفقا لما ورد في هذه النظرية، ينبغي أن يكون هناك عدد لانهائي من الأشكال الانتقالية... لماذا إذن لا نعثر عليها مطمورة بأعداد لا تعد ولا تحصى في قشرة الأرض؟ لماذا لا نجد الآن في المنطقة المتوسطة، التي تتسم بظروف حياتية متوسطة، أنواع متوسطة تربط بصفة دقيقة الأشكال البدائية بالأشكال المتقدمة؟...لقد حيرتني هذه الصعوبة منذ فترة طويلة من الوقت[4