نتيجة لاستمرار امتصاص الضوء، تستمر عملية تحلل جزيئات الماء في غشاء الثايلاكويد بهدف تعويض الالكترونات في مركز تفاعل النظام الضوئي الثاني حسب المعادلة:
أنزيم
H2O → 2H+ +1/2O2 + 2e-
تتصاعد جزيئات الأكسجين كناتج ثانوي لعملية البناء الضوئي الى الجو، ويتم +H الناتجة عن تحلل الماء الى تجويف الثايلاكويد عبر غشاء الثايلاكويد ليصبح ضخ +H عبر انزيم بناء ATP الموجود تجويف الثايلاكويد موجبا بالنسبة لخارجه، فتندفع في غشاء الثايلاكويد مستخدما طاقة الالكترونات التي تنتقل من ناقل لاخرفي سلسلة نقل الألكترون التي تربط بين النظامين الضوئيين لربط ADP مع مجموعة فوسفات لتكوين ATP كما في المعادلة التالية :
أنزيم بناء ATP
ADP + Pi → ATP