يمكن تقسيم الطحالب بطريقة أخرى حسب نوع الصبغة الموجودة بالجسم(اللون) إلى:
طحالب حمراءتحتوي علي صبغة الفيكوارثرين مثل البوليسيفونيا
طحالب بنية تحتوي علي صبغة الفيكوزانثيل مثل الفيوكس والسرجاسم
طحالب خضراء تحتوي علي اليخضور مثل الاسبيروجيرا والكلاميدوموناس